Mortal Kombat 1 traz um novo mundo, criado pelo Guardião do Tempo e protetor do Plano Terreno, o Deus do Fogo Liu Kang, que representa um recomeço para a franquia.
Após tomar controle da Ampulheta de Kronika no final de Mortal Kombat 11, ele reinicia o tempo e a história, com a proposta de criar uma existência mais gentil e pacífica para os habitantes de todos os Reinos, libertando-os do mal que os têm atormentado por eras.
Através de sua visão, veremos personagens familiares entrarem nesse universo recriado, de novas maneiras. Mas Liu Kang logo percebe que há alguém interferindo em seu plano para o universo, e precisa descobrir quem, antes que esse inimigo desconhecido destrua toda a realidade.